Истоки Евангелическо-лютеранской церкви в Грузии (ЕЛЦГ) и Азербайджане восходят к переселению швабов в 1817/1818 гг. В этот период было основано семь колоний и пригород Новый Тифлис. Несмотря на многочисленные потери из-за эпидемий, неурожая, персидских и татарских набегов, имевших место в XIX веке, вошедшее в поговорку «швабское трудолюбие» привело к образцовым результатам в сельском хозяйстве, виноделии, ремеслах и обеспечило благосостояние всех. В деревнях процветала церковная и общественная жизнь. К началу XX века насчитывалось более 20 немецких поселений, в которых проживало около 40000 христиан лютеранского вероисповедания.
После объявления в 1941 году войны Советскому Союзу гитлеровской Германией, большая часть немецкого населения была депортирована в Казахстан, а часть погибла. Церкви были уничтожены или использовались не по назначению; руками немецких военнопленных в 1946 году в Тбилиси было разрушено здание лютеранской кирхи. Лютеранство на Кавказе практически перестало существовать.
В эпоху перестройки, начиная с 1991 г., выжившие после репрессий лица немецкого происхождения вновь стали собираться, и у них возникло желание восстановить и возродить церковную жизнь. В то время собрания верующих происходили в разных местах, в школах или в залах кинотеатров. Вначале общину в течение года опекал пастор Розер из Вюртемберга, потом к пасторскому служению приступили местные пасторы: пастор Гарри Азиков, а затем Виктор Мирошниченко. В 2009 году в пасторы была ординирована Ирина Солей. Затем, в 2012 году последовала ординация Альбины Зотовой, которая является пастором на добровольной основе.
С самого начала община наладила контакт с пастором, проф., д-ром Гертом Хуммелем, который в то время курировал партнерские взаимоотношения между университетом Саарбрюккена и ТГУ им. Джавахишвили. Активное участие проф. Хуммеля, позже рукоположенного в епископы, дало начало официальному возрождению Евангелическо-лютеранской церкви в Грузии и на Южном Кавказе, а также строительству церкви Примирения в Тбилиси на территории бывшего немецкого кладбища.
25 сентября 1995 года состоялась торжественная церемония закладки камня.
26 октября 1997 года на праздничном богослужении прошло освящение церкви.
После смерти епископа Хуммеля в марте 2004 г. епископское служение в Церкви несли: д-р Андреас Штёкль (скончался в мае 2006), д-р Йоханнес Лаунхардт (по апрель 2008), пропст д-р Генрих Шеффер (по сентябрь 2008), Ханс-Иоахим Кидерлен (по октябрь 2017) и Маркус Шох (по апрель 2022). С мая 2022 года епископом ЕЛЦ является Рольф Барайс.
Наша Церковь входит в Союз "Евангелическо-лютеранских церквей в России и в других государствах" (ELKRAS), в "Сообщество евангелических Церквей в Европе" (GEKE) и во "Всемирную лютеранскую федерацию" (LWB / LWF). Мы поддерживаем тесные взаимоотношения с "Евангелической церковью в Германии" (EKD), в частности, с нашей партнерской Земельной Церковью в Вюртемберге.